Biserica a suferit cele mai grele lovituri în timpul împăraților romani Dioclețian (284-305), Galeriu (293-305), Maximian Hercule (286-305) și Constanțiu Chlor (293-306) (Dioclețian instituise tetrarhia ca sistem de guvernare).
În anii 303-304, Dioclețian a promulgat 4 edicte de persecuție prin care se decreta dărâmarea locașurilor de cult creștine, interzicerea adunărilor, arderea cărților sfinte și a arhivelor creștine, pedepsirea aspră a clericilor și creștinilor care nu apostaziau de la credință în Hristos.
În ajunul Crăciunului anului 304, biserica din Nicomidia — în timpul slujbei — a fost incendiată de prigonitori, creștinii găsiți prin cetate au fost uciși, atunci au suferit martiriu aproape 20.000 de oameni.
Din această încercare a scăpat cu viață preotul Ermolae, care a continuat să predice Evanghelia până când a fost prins de autorități și decapitat.
Astăzi este pomenit și Sfântul Cuvios Ioanichie cel Nou de la Muscel.
Sfântul Ioanichie a fost schimonah din Valea Chiliilor, Munții Făgăraș, care a pustnicit în primele decenii ale secolului al XVII-lea. Timp de 30 de ani s-a nevoit într-o peșteră pe care a săpat-o singur într-un perete abrupt al muntelui.
O singură dată pe săptămână un ucenic îi aducea sfântului cuvios o pâine și puțină apă, pe care le cobora până la gura peșterii cu o frânghie. Din timp în timp, egumenul Mănăstirii "Negru Vodă" îi trimitea, pe aceeași cale, Sfintele Taine.
Pentru multa sa nevoință și rugăciune, Dumnezeu l-a învrednicit să-și cunoască timpul mutării la Domnul, timp pe care l-a săpat în piatra de deasupra mormântului, "Ioanichie Schimonah, 1638".
Moaștele sfântului au rămas neatinse până în 1944, când arhimandritul Pimen, de la Mănăstirea "Negru Vodă", s-a coborât cu o frânghie în peșteră și a descoperit pe un pat de piatră osemintele întregi, galbene și bine mirositoare ale marelui sihastru din Valea Chiliilor.
Din 1990, odoarele sfinte au fost păstrate în biserica rupestră a Mănăstirii Cetățuia. În 20 ianuarie 2013, sfintele moaște au fost mutate la Mănăstirea "Negru Vodă" din Câmpulung Muscel.
În ședința de lucru a Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române din zilele de 18-19 iunie 2009 s-a aprobat canonizarea Cuviosului Ioanichie cel Nou de la Muscel (Argeș), cu ziua de prăznuire la 26 iulie.