În luna mai a anului 1948, preotul a intrat din nou în atenţia Securităţii. A fost ridicat de la mănăstire şi trimis în arest, acuzat că i-a ajutat cu hrană pe luptătorii anticomunişti din Munţii Făgăraşului. Arsenie Boca a petrecut atunci o lună şi jumătate în detenţie.
Fostul deţinut politic Dan Lucinescu a prezentat un episod ieşit din comun din perioada petrecută în închisoare de Arsenie Boca, în care a afirmat că preotul dispăruse de sub ochii anchetatorilor săi. Dan Lucinescu, autor al volumului „Părintele Arsenie Boca, un sfânt al zilelor noastre”, apărut în 2009, a relatat despre o vizită pe care un ofiţer de la Securitate i-a făcut-o preotului în închisoare.
Nu îl puteau vedea în celulă
Momentul surprins de Dan Lucinescu îl înfăţişează pe Arsenie Boca rugându-se în celula sa, îngenunchiat pe lespedea de beton. Rugăciunii îi urmase intrarea securistului în încăpere, însoţit de gardianul închisorii. „Când deschiseră uşa celulei, imediat după vizionarea prin vizetă, văzură cu stupoare şi groază, ca aceasta era complet goală. Cu cât priveau mai mult celula goală, cu atât întreaga lor fiinţă se tulbură. Ochii celor doi se măreau în orbite, în timp ce sângele adunat în capul lor le transforma figura într-un cuptor în flăcări, aproape de a ţâşni prin piele. Atât ofiţerul, cât şi gardianul îşi scuturau întregul corp, să se poată trezi din cel mai mare coşmar trăit de ei vreodată. Cu cât se uitau mai atent în celulă, cu atât aceasta apărea complet goală. Deja prin minţile celor doi se depanau scenariile cele mai sumbre, de arestare şi de anchetă prin tortură, pentru dezvăluirea întregii operaţii de facilitare a evadării unui deţinut, aflat în timpul anchetei. Nevenindu-le să creadă acea realitate, amândoi se proptiră în uşă pentru a o închide cu cheia, după care, plini de emoţie, cu mâinile tremurând, au dat la o parte capacul vizetei, uitându-se fiecare pe rând, din ce în ce mai derutaţi, având fiecare din ei senzaţia că şi-au pierdut minţile. Revenindu-şi treptat din acel şoc groaznic, au început să se uite pe rând, prin vizeta, nevenindu-le să creadă că deţinutul lor, părintele Arsenie Boca, stătea nemişcat în genunchi, lipit de măsuţa pe care era aprinsă lumânarea şi având alături Sfânta Evanghelie”, a relatat autorul volumului „Părintele Arsenie Boca, un sfânt al zilelor noastre”.
